Το Ε.Α.Π. θεσπίζει σαφείς και καθορισμένους στόχους για τη διασφάλιση και τη συνεχή βελτίωση της ποιότητας των παρεχόμενων Προγραμμάτων Σπουδών, των δραστηριοτήτων έρευνας και καινοτομίας καθώς και των επιστημονικών και διοικητικών υπηρεσιών. Οι στόχοι αυτοί είναι ποσοτικοί και ποιοτικοί και απορρέουν από τη στρατηγική του Ιδρύματος. Το Ίδρυμα εξειδικεύει τη στρατηγική του στο επίπεδο της Διασφάλισης Ποιότητας, μέσω χρονικά προσδιορισμένων στόχων, οι οποίοι μετρούνται και αναθεωρούνται στο πλαίσιο της λειτουργίας του ΕΣΔΠ. Ορίζεται Στοχοθεσία-Προγραμματισμός για την αποτελεσματικότερη και αποδοτικότερη λειτουργία όλων των οργανωτικών υπηρεσιών του Ιδρύματος καθώς και για την ανταπόκριση του ανθρώπινου δυναμικού στις σύγχρονες ανάγκες και τα νέα πρότυπα διοίκησης.